异构烃的来源之一是生物合成，与正构烷烃共生。这些异构烃的主要特点是甲基取代基在2和3位上，即2甲基烷烃和3一甲基烷烃。在高等植物的蜡、海生植物和细菌的类脂物以及动物的毛中都发现有此类异构烷烃。
在海洋有机物和细菌的类脂化合物中也含有异构脂肪酸，它们也可能是异构烃的前身。
石油中大部分异构烷烃形成于生油主带，由干l酪根中脂族结构热分解产生，此时既生成饱和烃，也生成不饱和烃。生成的烷烃经催化作用的一系列转化产生异构烷烃。异构烷烃也可能由甾类结构烃类的烷基侧链断裂产生。
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